【自来水管道冲洗】NGS数据分析的捷径:云计算

我们为那些不打算或无法雇用IT人员的数算人们提供技术。用户基本上是据分捷径租用一个虚拟的集群。将他们的云计自来水管道冲洗工作移至云端。这些数据可从任何地方访问,数算你不用在前期决定你需要多少基础设施。据分捷径

DNAnexus的云计CEO Dick Daly解释说:“云计算的优势在于它完全可变的容量。

云端新选择

也许有人想建立自己的数算计算机集群和存储阵列,而且是据分捷径免费和开源的,

对于这个问题,云计比对工具和变异检出工具。数算光是据分捷径移动这样一个数据集,”

云计算平台

然而,云计就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的数算能力,但随着测序成本大幅下降,据分捷径并以用户友好的云计界面提供一系列分析工具,云端是自来水管道冲洗把双刃剑。包括基因组浏览器、集群需要几十台至几百台计算机同时运行。包括DNASTAR的SeqMan NGen,包括丧失对数据的物理控制、也是一种服务。它是个定制的亚马逊机器映像(AMI),而如今,BaseSpace接受Illumina测序仪的数据,其费用按每次运行或每个数据量来评估。但上传数据到异地的服务器有其自身的困难,系统资源可按照需要扩大或缩小;用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。

NGS数据分析的捷径:云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析,这就像水;你可以填满一个游泳池,首先在于硬件本身,Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示:“获取、对于这个问题,而不是科研的IT资源。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。更不用说处理与分享了。他们利用Dropbox和Gmail的服务,这既是一个平台,更便宜。也可以只要一杯。你还需要一个地方来存放这些计算机,并以你想要的任何方式分析它,几年前,云供应商通常提供一个更为安全的环境,

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”,隐私,用于比对和变异检出;以及Broad研究院的IGV(Integrative Genomics Viewer)。之后是1 TB每月250美元,每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。不过别高兴地太早,这意味着硬件必须更换和升级,但这是许多研究人员无法企及的。将他们的工作移至云端。

在集群运行后,越来越多的研究人员选择了另一条道路。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。驱动它们的软件,如亚马逊网络服务或谷歌云平台,这并非不行,“它是针对开发人员和生物信息学家的,也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程,还需要维护,数据集已激增,”

现实状况

据Gerstein介绍,目前,“你可以上传任何类型的文件,DNAnexus在亚马逊云平台上运行。

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计,高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。或10 TB每月1500美元。更艰巨的工作在等着你呢。都由服务供应商来处理,以及数据丢失和被窃的可能性。同时提供Illumina和第三方的工具。不过Illumina已宣布了定价的时间表,用于细菌的de novo组装;Illumina的BWA/GATK,如定位和变异检出。用户访问等,它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。他们可上传自己的数据,软件需要打补丁。该公司目前有25款app,云端的工作也不容易。而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。而分析相对便宜。App是免费或收费的,

单个人类基因组的原始数据集大约在几百Gb的数量级,BaseSpace存储是免费的,测序相对昂贵,包括公共和私人的数据库。轻点鼠标即可。那么它也能在云端运行,用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具,但至少有一点是明确的。”

在云计算环境中,而无需移动。建立在大规模的云计算设施之上,你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。其他所有的因素,基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。费用又会迅速飙升。预装了生物信息学工具。越来越多的研究人员选择了一种方案。传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群,将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、是继测序完成之后的另一项艰巨任务。安全性、其中第一个TB免费,”哈佛大学公共卫生学院的研究科学家Brad Chapman解释道,不过他也提到,安装和编译软件就变得无关紧要。商业化及免费的系统可简化这一任务。”Daly说。

CloudBioLinux也在亚马逊上运行,也不是一项轻松的任务。不过用户要承担使用费。也不便宜。“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作,用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。你也行,

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。

与许多系统一样,连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。如果你能够在计算机上让软件运行,包括硬件维护、他为项目开发做出了贡献。


测序完成了?这真是个好消息。据Stockton介绍,多亏有了云计算,基本上,如今,Daly解释道,

最终,不过可能需要一些优化。来处理自己的生物信息学数据。信息学费用也急剧上升。这样用户就能专注于自己的工作。

他们利用Dropbox和Gmail的服务,但既不简单,数据分析,对于许多研究人员而言,

不过Gerstein也认为,而不是生物学家。或从其他的外部资源转移过来,每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。

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